勤怠管理システムの導入コストは、補助金を活用することで大幅に抑えられます。
「どの補助金が使えるのか」「申請手続きは複雑ではないか」と不安を感じている中小企業の経営者・労務担当者の方も多いのではないでしょうか。
この記事では、活用できる補助金の種類・申請の流れ・対象システムの比較について詳しく解説します。
目次
勤怠管理システムの導入を支える補助金
勤怠管理システムの導入コストを抑えたい中小企業が活用できる補助金は、大きく2種類あります。
それぞれ対象事業者の条件や補助額、申請方法が異なるため、自社の状況に合った補助金を選ぶことが大切です。
どちらが自社に向いているか、以下で各補助金の詳細を確認してみてください。
IT導入補助金（経済産業省管轄）
IT導入補助金は中小企業・小規模事業者が、ITツールを導入する際に活用できる経済産業省管轄の補助金です。
2026年からはデジタル化・AI導入補助金2026へ名称が変わっています。
デジタル化・AI導入補助金は、中小企業・小規模事業者等の労働生産性の向上を目的として、業務効率化やDX等に向けた ITツール（ソフトウェア、サービス等）の導入を支援する補助金です。
引用：デジタル化・AI導入補助金2026「デジタル化・AI導入補助金制度概要」
勤怠管理システムも補助対象に含まれており、導入コストの一部を国が負担してくれます。
補助率は最大1/2〜4/5で、申請する枠によって補助額の範囲が異なります。
なお、申請はIT導入支援事業者経由が必須で、事業者が単独での申請はできません。
申請枠ごとの補助額の目安は、以下のとおりです。
| 申請枠 | 補助率 | 補助額の範囲 |
|---|---|---|
| 通常枠 | 1/2以内、2/3以内 | 1プロセス以上：5万円〜150万円未満4プロセス以上：150万円〜450万円以下 |
| インボイス枠（インボイス対応類型） | 3/4以内、4/5以内2/3以内 | 50万円以下50万円超〜350万円以下 |
| インボイス枠（電子取引型） | 2/3以内1/2以内 | 〜350万円以下 |
| セキュリティ対策推進枠 | 小規模事業者：2/3以内中小企業：1/2以内 | 5万円～150万円 |
補助額は毎年度の公募内容によって変更される場合があるため、最新情報はIT導入補助金の公式サイトで確認してください。
働き方改革推進支援補助金（厚生労働省管轄）
働き方改革推進支援補助金は、長時間労働の是正や生産性向上を目的とした厚生労働省管轄の補助金です。
勤怠管理システムの導入費用が補助対象になるコースがあり、中小企業の労働環境改善を後押しします。
補助率は3/4〜4/5と高水準ですが、申請窓口は都道府県労働局で、事前に取り組み計画書の提出が必要です。
コースごとに上限額が異なるため、自社の課題に合ったコースを選ぶことが大切です。
| コース名 | 主な対象 | 補助率 | 上限額 |
|---|---|---|---|
| 時間外労働上限設定コース | 時間外労働の上限規制への対応が必要な事業者 | 3/4、4/5 | 150万円 |
| 勤務間インターバル導入コース | インターバル制度を新たに導入する事業者 | 3/4、4/5 | 120万円 |
| 労働時間短縮・年休促進支援コース | 労働時間短縮や年次有給休暇取得促進に取り組む事業者 | 3/4、4/5 | 150万円 |
| 団体推進コース | 事業主団体が構成員に対して取り組みを推進する場合 | – | 500万円〜1,000万円 |
各コースの要件や上限額は、年度ごとに変わる場合があります。
補助金の対象となる勤怠管理システムを比較
IT導入補助金の対象として登録されている勤怠管理システムは複数あり、料金体系や機能はシステムによって異なります。
補助金を活用すると実質負担額を大きく抑えられるため、導入前に勤怠管理システムを比較することが大切です。
以下の表に、代表的な5つの勤怠管理システムをまとめているので、自社の規模や課題に照らし合わせて、最適な勤怠管理システム選びの参考にしてください。
| 勤怠管理システム | 月額料金 | IT導入補助金適用後の実質負担（目安） | 特徴 |
|---|---|---|---|
| KING OF TIME | 300円〜/人 | 150円/人・月〜 | 多様な打刻方法に対応。大企業から中小企業まで幅広く導入実績あり |
| Touch On Time | 300円〜/人 | 150円/人・月〜 | 指静脈認証など生体認証に強み。不正打刻防止を重視する企業に向く |
| ジョブカン勤怠管理 | 200円〜/人 | 100円/人・月〜 | シフト管理・残業管理など機能が豊富。小規模〜中規模企業に向く |
| freee勤怠管理Plus | 400円〜/人 | 200円/人・月〜 | freee会計・給与との連携がスムーズ。freeeシリーズ利用企業に最適 |
| マネーフォワードクラウド勤怠 | 440円〜/人 | 220円/人・月〜 | 給与・経費管理との一元管理が可能。バックオフィス効率化を目指す企業に向く |
実質負担額は、IT導入補助金の補助率1/2を適用した目安です。ただし、実際の補助額は申請枠や審査結果によって異なります。
次の各項目では、勤怠管理システムごとの特徴をさらに詳しく確認していきます。
どの勤怠管理システムか明確ではない場合は、「勤怠管理システムに必要な機能とは？利用者60名に聞いた現場が求める機能」を押さえてから自社に合ったシステムを選びましょう。
KING OF TIME
KING OF TIMEは、勤怠管理・人事給与システム市場でシェアNo.1を獲得しています。
導入企業数67,000社超・利用者数430万人を誇る、中小企業に広く選ばれている勤怠管理システムです。
月額300円/人で全機能を利用でき、初期費用が0円のため導入時のコスト負担を最小限に抑えられます。
IT導入補助金（通常枠・補助率1/2）を活用すれば、実質150円/人程度での導入が可能です。
たとえば、従業員30名の企業では、月額9,000円が補助金適用後に実質4,500円程度になります。
初期費用0円の料金体系に補助金を組み合わせることで、コスト面のハードルを大きく下げられるでしょう。
KING OF TIMEは、打刻方法の豊富さも強みで、ICカード・指紋認証・顔認証・スマートフォンアプリなどに対応しています。
現場のIT習熟度を問わず運用しやすい点が、幅広い業種・規模の企業から支持されている理由です。
KING OF TIMEの性能や口コミが気になる場合は、「KING OF TIME（キングオブタイム）とは｜勤怠管理システムの機能や評判・注意点と料金を解説」を参考にしてください。
Touch On Time
Touch On Timeは、シンプルな操作性と低価格を両立した勤怠管理システムです。
初期費用0円・月額300円/人という料金体系で、コストを抑えて導入できます。
IT導入補助金（通常枠・補助率1/2）を活用すると、実質150円/人程度での導入が可能です。
さらに、条件次第では補助率が2/3に拡大されるため、負担をより抑えられます。
初期費用0円の料金体系に補助金を組み合わせることで、予算が限られた中小企業でも導入しやすいでしょう。
Touch On Timeは、不正打刻防止機能の充実度も強みで、指静脈認証やICカード打刻など複数の打刻方法に対応しています。
現場従業員が多い製造業・小売業など、打刻管理の厳密さが求められる中小企業に向いています。
Touch On Timeの性能や口コミが気になる場合は、「Touch On Time(タッチオンタイム)とは｜リアルな評判・口コミも紹介」を参考にしてください。
ジョブカン勤怠管理
ジョブカン勤怠管理は、同シリーズの採用管理・給与計算・労務管理などと連携できる点が強みです。
勤怠データが給与計算や労務管理にそのまま連携されるため、二重入力や転記ミスを防ぎながら人事労務業務をまとめてIT化できます。
複数の業務をバラバラのツールで管理している中小企業にとって、一元化による業務効率化のメリットは大きいです。
IT導入補助金の対象ツールとして申請実績もあり、補助金を活用するとジョブカンシリーズを複数まとめて導入する際のコスト負担を軽減できます。
ジョブカンでIT導入補助金を利用すると最大80％OFFで導入できます。
引用：ジョブカン「IT導入補助金」
勤怠管理と給与計算をセットで導入する場合でも、補助率1/2が適用されれば実質半額程度での導入が可能です。
人事労務業務の全体をデジタル化したい企業にとって、コストと利便性の両面で検討する価値がある勤怠管理システムです。
ジョブカン勤怠管理の性能や口コミが気になる場合は、「ジョブカン勤怠の評判が最悪って本当？クレームと注意点、メリットデメリットを解説」を参考にしてください。
freee勤怠管理Plus
freee勤怠管理Plusは、freee会計・freee人事労務と連携すると、給与計算・勤怠・会計をまとめてDX化できる勤怠管理システムです。
バラバラに管理していた業務データが一元化されるため、入力の手間やミスを大幅に減らせます。
ITツールを初めて導入する中小企業にとって、ひとつのサービスで複数業務をカバーできる点は大きな安心感につながるでしょう。
freeeは2026年度のIT導入補助金において、申請枠によって最大80%の補助率が適用されるケースがあります。
特に小規模事業者がインボイス枠（インボイス対応類型）で申請する場合、補助率4/5が適用される点は見逃せません。
導入費用が10万円の場合、補助金適用後の実質負担は2万円程度に抑えられる計算です。
通常枠の補助率1/2と比べても、インボイス枠を活用できる事業者にとっては有利な条件といえます。
freee勤怠管理Plusの性能や口コミが気になる場合は、「freee勤怠管理Plusの評判は？ヘルプサポートの内容・機能・料金・注意点など」を参考にしてください。
マネーフォワードクラウド勤怠
マネーフォワードクラウド勤怠は、IT導入補助金を活用することで利用料金が最大80%補助される勤怠管理システムです。
通常枠（補助率1/2〜2/3）とインボイス枠（小規模事業者は最大4/5）の2つの枠に対応しており、自社の状況に合わせて申請枠を選べます。
申請金額200万円の場合、最大66%補助が適用されると自己負担は68万円程度に抑えられる計算です。
補助金をうまく活用すれば、導入コストの負担を大きく軽減できます。
さらに、マネーフォワードクラウド勤怠はクラウド会計・給与計算・請求書管理など、複数サービスとスムーズに連携できる点も強みです。
勤怠データが給与計算に自動反映されるため、月末の集計作業や転記ミスを減らせます。
バックオフィス業務をまとめてデジタル化したい中小企業にとって、拡張性の高さは大きなメリットです。
マネーフォワードクラウド勤怠の性能や口コミが気になる場合は、「マネーフォワードクラウド勤怠の評判は？口コミからわかる実態や料金・機能まで紹介」を参考にしてください。
勤怠管理システムの補助金申請の流れ
補助金申請は手続きが複雑に見えるため、後回しにしてしまう企業も少なくありません。しかし、手順を事前に把握しておけば進められます。
IT導入補助金と働き方改革推進支援補助金では、申請窓口も手順も異なります。
それぞれの流れを正しく理解した上で準備を進めることが、申請をスムーズに進めるポイントです。
IT導入補助金を利用する
IT導入補助金の申請は、以下のステップで進めます。
手順を飛ばすと補助金を受け取れなくなる場合があるため、流れを事前に確認してください。
申請に必須のアカウントで、取得まで2週間程度かかります。早めに準備を始めることが大切です。
情報セキュリティ対策に取り組む宣言で、申請の必須条件です。取得に1週間程度かかります。
補助金に登録済みのベンダー経由での申請が必須です。事業者が単独での申請はできません。
IT導入補助金ポータルから申請します。採択審査があるため、通過するとは限りません。
交付決定通知を受け取った後に導入・契約を進めます。決定前の契約や発注は補助対象外になるため、上記の順番は守ってください。
導入後に納品確認・支払い証明などの証拠書類を提出します。
実績報告の審査通過後に振り込まれます。報告から約1ヶ月が目安です。
働き方改革推進支援補助金を利用する
働き方改革推進支援補助金は、申請窓口がIT導入補助金と異なり、管轄の都道府県労働局への申請が基本です。
申請前に取組計画書の提出が必要な点も大きな特徴です。手順を把握した上で、早めに準備を進めてください。
時間外労働上限設定・勤務間インターバル導入など、自社の課題に合ったコースを選びます。
労働能率の向上に関する計画書を作成します。就業規則や労働協約の整備が必要なケースもあります。
管轄の労働局に書類を提出します。窓口申請が基本のため、事前に確認してください。
審査通過後に交付決定通知が届きます。通知前の発注・契約は補助対象外になるため、IT導入補助金と同様に順番を守ってください。
計画に沿って勤怠管理システムを導入し、コースで定められた取り組みも並行して進めます。
取組完了後に実績報告と支給申請を提出します。領収書・就業規則改定証明などの書類が必要です。
審査通過後に支給されますが、支給まで数ヶ月かかるケースもあります。資金計画に余裕を持たせておくことが大切です。
勤怠管理システム導入前に知っておきたい補助金の注意点
補助金はうまく活用すれば導入コストを大幅に抑えられる制度ですが、手順を誤ると申請できない・受け取れないという事態になります。
事前に注意点を把握しておくことで、申請をスムーズに進められます。
押さえておきたい注意点は、以下の4つです。
- 交付決定前の契約・発注は補助対象外
- 補助金は後払い（立替が必要）
- 実績報告・成果報告の提出が必要
- 申請期限がある
これらの注意点を事前に把握せずに進めると、補助金を受け取れないリスクがあります。
上記に該当する場合でも、「無料で使える勤怠管理システム17選｜有料版との違いも解説」を参考にすることで、費用を抑えることもできます。
勤怠管理システムを自社開発すると補助金の適用外になる
勤怠管理システムを自社開発した場合、IT導入補助金は適用されません。
IT導入補助金は、経済産業省に登録されたIT導入支援事業者が提供するツールのみが補助対象となる制度です。
自社の勤怠管理システムは登録ツールに該当しないため、どれだけ費用がかかっても補助金を受け取れません。
コストを抑えようと自社開発を選んだ結果、補助金が使えなかったというケースには注意が必要です。
また、トータルコストの観点からも既製の勤怠管理システムに優位性があるといえるでしょう。
自社開発では初期の開発費だけでなく、保守費・機能改修費・セキュリティ対応費など継続的なコストが発生します。
一方、既製勤怠管理システムはIT導入補助金を活用することで実質負担額を半額以下に抑えられるケースがあり、保守・アップデートもベンダーが対応します。
導入後のランキングコストを含めた上で、勤怠管理システムの費用対効果を計算して自社に合った選択をしましょう。