マイナンバー管理システムは企業が従業員のマイナンバーを収集・保管・利用・破棄するまでをクラウド上で行えるシステムです。
今回はマイナンバー管理システムの選び方やおすすめマイナンバー管理システムを比較しながら紹介します。
- マイナンバー管理システムの導入は法律上必須ではありませんが、収集・保管・利用・廃棄の記録を安全に管理する手段として有効
- マイナンバー管理システムは「他のシステムと連携できるか」「セキュリティ」「価格」「人数」「操作性」で選ぶ
- マイナンバー管理システムは「引継ぎも簡単」「人的ミスが防止できる」「セキュリティの強化」などのメリットがある
| サービス名 | マネーフォワードクラウドマイナンバー![]() | 奉行Edgeマイナンバークラウド![]() | jinjer人事労務![]() | フリーウェイマイナンバー![]() | freeeマイナンバー管理![]() | SmartHR![]() | オフィスステーション マイナンバー![]() | ジョブカン労務HR![]() | マイナクラウド![]() |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 提供会社 | 株式会社マネーフォワード | 株式会社オービックビジネスコンサルタント | jinjer株式会社 | 株式会社フリーウェイジャパン | freee株式会社 | 株式会社SmartHR / SmartHR, Inc. | 株式会社エフアンドエム(英文名:F&M CO.,LTD.) | 株式会社 DONUTS | 株式会社ビットスクリプト(Bitscript, inc.) |
| 料金 | ひとり法人プラン:2,480円〜/月 スモールビジネスプラン:4,480円〜/月 ビジネスプラン:6,480円〜/月 | 月間利用料(初年度):2,500円 月額125円/1名あたり 次年度以降の年間利用料:18,000円(税抜) | 月額300円〜/人 | 〜20人:無料 21人~:1,980円/月 | freee人事労務またはfreee会計の有料プラン契約者は追加料金なしで利用可能 | 要問い合わせ | 登録料:110,000円 〜100名:月3,300円 101〜200名:月4,400円 201〜300名:月5,500円 | 要問い合わせ | お試し:無料 プラン10:月1,000円 プラン30:月2,400円 プラン60:月4,800円 プラン100:月8,000円 以降、管理人数が100人増えるごとに+8,000円(税別) |
| 特徴 | スマホでのマイナンバー収集 取引先・株主からの収集 利用履歴の自動記録 クラウド給与との連携 保管期限後の廃棄 二段階認証 アクセス権の制限 | ・すべてのデータを暗号化で保護 ・24時間365日の運用監視 ・国際認証SOC1,SOC2報告書を取得 ・サーバー不要で、運用管理いらず ・自動バックアップで手間なくデータ保全 | ・連携機能あり ・セキュリティの充実 | ・連携機能あり ・初期費用無料 ・収集から破棄までオンライン上で完結 | 従業員・扶養家族のマイナンバー登録 番号確認書類・身元確認書類のアップロード 取引先のマイナンバー管理 年末調整書類への反映 源泉徴収票・給与支払報告書への反映 入社手続き書類への反映 操作履歴の記録 権限管理 不要になったマイナンバーの削除 | ・入社手続き・雇用契約 ・年末調整 ・Web給与明細 ・マイナンバー管理 ・従業員データベース ・人事評価 ・従業員サーベイ ・ラクラク分析レポート | ・ガイドラインに基づく必須機能を搭載 ・金融機関並みのセキュリティシステムを導入 ・社労士・税理士との共有システムで一元化を実現 | ・導入実績30万社超 ・連携機能あり ・帳簿自動作成でラクラク時短 | ・スマートフォンで収集が簡単 ・書類の打ち込み作業も簡単な連続登録ツール ・クラウド上で安全に保管 ・不正ログイン防止の二段階認証 ・操作履歴の自動保存 ・ログインユーザの権限設定 |
マイナンバー管理システムのガイドラインとは

個人情報保護委員会が公表している「特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドライン(事業者編)」ではマイナンバーを正しく管理するために「基本方針の策定」と「取扱規程等の策定」のルールや「組織的安全管理措置」「人的安全管理措置」「物理的安全管理措置」「技術的安全管理措置」の処置が定められています。
マイナンバーを扱う企業でマイナンバー管理システムを必ず導入しなければいけない法律などはありませんが、企業は責任を持ってマイナンバーを管理しなければいけません。
具体的には次のようなルールを遵守する必要があります。
取得・利用・提供のルール
取得・利用・提供のルールでは法令に定められた場合のみに社員のマイナンバーを取得・利用・提供をしなければいけません。
その上で、何のために利用するのかを明示して社員に確認を取る必要があります。
保管・廃棄のルール
保管・廃棄のルールでは必要がある場合に保管して、不要であれば廃棄を速やかに行わなければいけません。
また、廃棄する時には廃棄したことを記録して残しておく必要があるため、しっかり覚えておきましょう。
委託のルール
委託のルールでは委託先に必要かつ適切な監督を行う必要があります。
そのため、慎重に委託先を選んだり委託先の管理方法を把握することが重要です。
安全管理措置のルール
安全管理措置のルールではマイナンバーを紛失したり漏洩しないように安全に管理していく義務があります。
基本的にはマイナンバー取り扱いの基本方針を策定して運用していくことが求められています。
マイナンバー管理システムを導入する5つのメリット

ここでは、マイナンバー管理システムを導入するメリットを紹介します。
引継ぎも簡単
マイナンバー管理システムを導入すると、引継ぎも簡単に行えます。
システム化することで収集、管理、活用、廃棄までの手順が標準化されて、担当者が代わってもすぐに対応できます。
また、引継ぎの際に個人情報の漏えいや紛失の危険性もないため、安全にマイナンバーを保管できるというメリットもあります。
マイナンバー管理システムが人事管理システムと連携できている場合は、担当者が変わっても従業員一覧から誰がマイナンバーを提出しているかを一目で把握できますよ。
人的ミスが防止できる
マイナンバー管理システムを導入すれば人的ミスを予防できます。
どんなに優秀な人材が担当したとしても、人間の手作業ではどうしてもヒューマンエラーが発生してしまうことがあります。
例えば、マイナンバーを削除する時は必ず責任のある人間が確認しなければいけません。
どんな些細なミスも許されないマイナンバー管理において、マイナンバーの紛失が起きてしまうと企業の信用を失ってしまう危険性もあり、厳重な管理が必要です。
また、マイナンバーを給与計算システムや年末調整システムに転記する際に、転記ミスしてしまう可能性もあります。
特に、マイナンバー管理と給与・年末調整業務がシステムで連携できていない場合、CSV出力や二重入力が発生しやすく、ヒューマンエラーのリスクが高まります。
すでに給与計算システムを導入しているものの、年末調整機能が備わっていない場合は、年末調整システムを追加導入することで、書類回収からデータ反映までを人的ミスを防ぎながら電子化できます。
一方で、給与計算や年末調整が紙運用中心の場合は、年末調整機能が標準搭載された給与計算システムへ切り替えることで、マイナンバー管理を含めた業務全体の効率化につながる可能性があります。
このように、慎重に取り扱う必要があるマイナンバーは、マイナンバー管理システムや他システムと連携して取り扱うことで人的ミスを防止できます。
セキュリティの強化
万が一マイナンバーの情報が漏えい等が発生した場合、個人情報保護委員会への報告や本人通知が必要となる場合があり、行政対応・信用低下・損害賠償・罰則リスクにつながる可能性があります。
特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドラインでも「情報システムを外部からの不正アクセスまたは不正ソフトウェアから保護する仕組みを導入し、適切に運用する」と定められています。
そのため、マイナンバーを扱う企業は情報漏洩を防止するために企業規模を問わず徹底する必要があり、早急なシステム化が求められています。
法令変更に対応できる
政府はマイナンバーの可能性と活用方法を今後も拡大していく方針を定めています。
それに伴い、法令改正が度々起きると予測されています。
この法令改正に企業は対応する必要があり、システムを導入していないと法令改正の度に手間や時間がかかってしまうでしょう。
マイナンバー管理システムを導入すれば法令改正にもすぐに対応できるため、無駄な手間やコストも発生しません。
マイナンバーを効率良く収集できる
マイナンバー管理システムはマイナンバーを効率良く収集できるというメリットがあります。
マイナンバーは重要な個人情報ということもあり、収集する時も細心の注意を払って慎重に行う必要があります。
マイナンバー管理システムはマイナンバーを効率良く収集でき、しかも安全に収集できるという機能が揃っているため安心です。
マイナンバー管理システムを導入する2つのデメリット

続いて、マイナンバー管理システムを導入するデメリットについて紹介します。
コストがかかる
マイナンバー管理システムを導入するとなると、やはりどうしてもコストがかかってしまいます。
現段階でコストをかけてまでシステムの導入を行う必要があるのかどうかを事前に社内で確認する必要があります。
マイナンバー管理システムの価格・費用相場は、サービスの規模や機能によって大きく異なります。
一般的に、初期費用は0円から11万円ほどです。
月額利用料は無料プラン・低価格の専用サービスから、従量課金型、個別見積もり型、労務システム一体型まで幅があります。
多くのサービスではユーザー数による従量課金制を採用しており、月額1,000円前後から利用できるサービスもありますが、従業員数や連携機能、アウトソースの有無によって数万円以上になる場合もあります。
基本的には、ユーザー数が多ければ多いほど利用料金はかさむため注意しましょう。
また、マイナンバー管理システムは無料で使えるシステムもあるため、コストをかけたくない人にはおすすめです。
セキュリティ面で不安が残る
クラウド上でマイナンバーを管理するのは、従来の紙媒体よりもセキュリティ面は向上します。
ただし、クラウド上のマイナンバー管理は外部からの不正アクセスやウイルスによって情報が漏えいしてしまう危険性もゼロではありません。
全てのシステムではセキュリティ面での対策に力を入れているため、情報が漏えいしてしまうことは滅多にありませんが、どのようなセキュリティ対策が取られているのかを確認することが大切です。
マイナンバー管理システムの選び方・比較ポイント

まずはマイナンバー管理システムの選び方のポイントについて紹介します。
マイナンバー管理システムは他のシステムとの連携ができるかどうかが重要なポイントです。
マイナンバーは特に人事労務システムと連携すると非常に便利です。
主に源泉徴収や労務関係の書類に記載する場面も多いため、労務系のシステムと連携できるかどうかを確認してください。
セキュリティ
マイナンバー管理システムを導入する時はセキュリティ面も重要です。
マイナンバーは社員の重要な個人情報となり、万が一漏洩してしまっては大変なことになります。
どのようなセキュリティ体制が整っているかどうかは特に確認してください。
価格・費用の安さ
マイナンバー管理システムは価格で選ぶことも大切なポイントです。
安ければ悪い高ければ良いというわけではありませんが、同じくらいの性能のシステムで悩んでいる時は最終的に価格で選ぶのも一つの方法です。
利用人数に合ったシステム
マイナンバー管理システムは大企業向けのシステムや少人数の小規模事業者向けのシステムがあります。
仮に、少人数の場合はマイナンバーシステムだけを導入すれば良いケースが多いです。
人数が多い企業の場合はマイナンバー管理システムと労務管理システムが連携できれば、さらに業務効率化に繋がります。
例えば、入社手続きの際には住所や氏名などの基本情報と同時に、マイナンバーもオンライン上で安全に収集できるようになります。この連携により、マイナンバーの二重入力をなくすことで、人的ミスや確認の手間を減らすことが可能です。
登録画面や管理画面の操作性
マイナンバー管理システムは操作性で選ぶことも重要です。
いざ導入しても扱えなければ意味がありません。
また、マイナンバー管理システムは社員や取引先のマイナンバーを登録することを依頼する形となります。
登録画面が分かりづらいとそれだけで時間や手間がかかってしまい、業務負担になってしまうことも考えられます。
担当者が代わることも検討して、シンプルで直観的に操作できるマイナンバー管理システムを導入することをおすすめします。
マイナンバー管理システムおすすめ9選を比較|価格・特徴を解説
おすすめのマイナンバー管理システムを表にてまとめましたので、参考にしてください。
ここでは、おすすめのマイナンバー管理システムを紹介します。
マネーフォワードクラウドマイナンバー|給与・年末調整との連携まで見据えたマイナンバー管理

出典:https://biz.moneyforward.com/mynumber/
マネーフォワード クラウドマイナンバーは、従業員や取引先、株主などのマイナンバーを、収集から保管・利用・廃棄までクラウド上で管理できるサービスです。マネーフォワード クラウド給与などマネーフォワードの周辺サービスと連携しやすいという特徴があります。例えば、収集したマイナンバーを源泉徴収票などの法定調書へ反映できるため、給与計算や年末調整のたびに番号を別システムへ転記する手間を減らせます。マイナンバー管理と給与・労務業務を別々に運用している企業にとっては、二重入力や確認漏れを防ぎやすいのは大きなメリットです。
マイナンバーの収集では、従業員本人がスマートフォンで本人確認書類を撮影して提出できるため、紙でコピーを集めたり、担当者が番号を手入力したりする負担を抑えられます。取引先や株主に対してもワンタイムパスワード形式でマイナンバーの提供を依頼できるため、従業員以外の個人番号を扱う企業にも向いています。
セキュリティ面では、氏名やマイナンバー情報を暗号化して管理し、ログイン時にはメールアドレス・パスワードに加えて認証コードを使う二段階認証を設定できます。また、マイナンバーの利用履歴は自動で記録されるため、「誰が・いつ・何の目的で利用したのか」を後から確認しやすい設計です。保管期限を過ぎたマイナンバーは、システム上から廃棄できます。マイナンバーは必要がなくなった時点で速やかに廃棄する必要があるため、収集や保管だけでなく、廃棄まで管理フローに組み込みたい企業に適しています。
| 提供会社 | 株式会社マネーフォワード |
|---|---|
| 料金 | ひとり法人プラン:2,480円〜/月 スモールビジネスプラン:4,480円〜/月 ビジネスプラン:6,480円〜/月 |
| 特徴 | スマホでのマイナンバー収集 取引先・株主からの収集 利用履歴の自動記録 クラウド給与との連携 保管期限後の廃棄 二段階認証 アクセス権の制限 |
奉行Edgeマイナンバークラウド|利用目的・参照履歴まで自動記録できる

出典:https://www.obc.co.jp/bugyo-edge/mynumber
奉行Edge マイナンバークラウドは従業員や扶養家族、個人支払先のマイナンバーを、収集から本人確認、保管、利用履歴の記録、廃棄まで一元管理できるクラウド型のマイナンバー管理システムです。実績としては利用数が1.3万、利用者数は319万人にのぼり、マイナンバー管理に特化したサービスとして多くの企業で利用されています。従業員や個人支払先がパソコン・スマートフォンから提出できるため、持参・郵送・回収状況の確認にかかる手間を減らせます。
マイナンバーの「取扱履歴」を自動で残せる点が特徴です。社会保険手続きや源泉徴収票作成などでマイナンバーを利用する際は、利用目的や参照履歴をシステム上に記録できます。マイナンバーは、収集するだけでなく「誰が・いつ・何の目的で使ったのか」を管理することが重要なため、履歴管理を別台帳で行っている企業にとっては、抜け漏れ防止につながります。
セキュリティ面では、マイナンバーへのアクセスに電子証明書認証、利用者ID・パスワード認証、ワンタイムパスワード認証を組み合わせた3段階認証を採用しています。利用者ごとにマイナンバーの利用権限を設定できるため、取り扱いを許可された担当者だけがアクセスできる仕組みです。
さらに、データはAES暗号化方式で保護され、通信もSSLで保護されています。Microsoft Azure上で管理・運用されており、24時間365日の運用監視や自動バックアップにも対応しています。SOC1 Type2・SOC2 Type2報告書の取得、FISC安全対策基準への準拠、ISMAPへの登録など、セキュリティ要件の説明材料が多い点も、社内稟議やプライバシーマーク関連の確認を進める上で強みです。
| 提供会社 | 株式会社オービックビジネスコンサルタント |
|---|---|
| 料金 | 月間利用料(初年度):2,500円 月額125円/1名あたり 年間利用料(初年度):30,000円 次年度以降の年間利用料:18,000円(税抜) |
| 特徴 | Web提出 提出依頼通知 本人確認 マイナンバー取扱履歴の自動保存 CSV出力 奉行製品連携 3段階認証 AES暗号化 自動バックアップ SOC1・SOC2 Type2報告書取得 ISMAP登録 |
jinjer人事労務|収集したマイナンバーを社保手続き・年末調整に活用しやすい

ジンジャー人事労務は従業員情報の収集・管理を中心に、マイナンバー管理にも対応したクラウド型の人事労務システムです。マイナンバー管理機能では従業員に対してシステム上から申告依頼を送り、従業員はフォームに回答する形でマイナンバーを提出できます。管理者が直接登録することも可能なため、オンライン提出と管理者登録を併用したい企業にも対応しやすい設計です。
特に特徴的なのは、ジンジャー上で収集・保管したマイナンバーを、社会保険手続きや年末調整にかかる書類作成へ活用しやすい点です。入社手続きで収集したマイナンバーは、社保手続きオプションを利用することで資格取得届などに反映できます。マイナンバーを別システムから探したり、手作業で転記したりする機会を減らせるため、入社手続き・社保手続き・年末調整をまとめて効率化したい企業向きです。
操作ログを細かく確認できる点も、マイナンバー管理では重要です。ジンジャーでは、誰がいつログインし、どのマイナンバーを閲覧・更新・削除したかといった履歴に加えて、アクセス元のIPアドレスも確認できます。マイナンバーは「収集して保管する」だけでなく、利用履歴を残して適切に管理する必要があるため、紙やExcelで履歴管理をしている企業では、管理負担の軽減につながります。
退職者のマイナンバー管理にも対応しています。退職後、設定した期間を過ぎたタイミングで廃棄通知を出せるため、保存期間が過ぎたマイナンバーを放置してしまうリスクを抑えやすくなります。収集・利用だけでなく、廃棄まで管理フローに組み込みたい企業にとって使いやすい機能です。
| 提供会社 | jinjer株式会社 |
|---|---|
| 料金 | 月額300円〜/人 |
| 特徴 | マイナンバー申告依頼 フォーム提出 管理者登録 操作ログ確認 IPアドレス確認 退職後の廃棄通知 社保手続き・年末調整への活用 マイナポータル電子申請対応 権限設定 ISMS認証取得 |
フリーウェイマイナンバー|20名まで無料で使える給与連携型のマイナンバー管理システム

出典:https://freeway-japan.com/mynumber/index.html
フリーウェイマイナンバーは、マイナンバーの収集・保管・利用・廃棄をインターネット上で完結できるクラウド型のマイナンバー管理システムです。最大の特徴は、従業員20名まで初期費用・月額利用料ともに無料で使える点です。21名以上の場合も、登録できる従業員数は無制限で、月額1,980円(税抜)に抑えられています。マイナンバー管理だけに高額な費用をかけにくい小規模事業者や、まずは紙・Excel管理からクラウド管理へ移行したい企業に向いています。
マイナンバーの収集では従業員に案内メールを送り、従業員本人がパソコン・スマートフォン・タブレットから個人番号や本人確認書類を登録できます。すでに紙などで収集済みのマイナンバーがある場合は、管理者が手入力で登録することも可能です。従業員側で入力してもらえるため、担当者が番号を転記する機会を減らしやすく、収集時のミス防止にもつながります。
保管面では、個人番号は暗号化されたクラウド環境で管理され、閲覧できるのは権限を付与された管理者に限定されます。マイナンバー情報を担当者のパソコン内に保存しなくて済むため、端末紛失やローカル保存による漏えいリスクを抑えやすい点もメリットです。利用履歴も残るため、誰がマイナンバーを扱ったのかを後から確認しやすくなります。
また、フリーウェイマイナンバーはフリーウェイ給与計算とのセット利用が前提ですが、フリーウェイ給与計算と連携することで、個人番号の記載が必要な帳票にマイナンバーを印字できます。給与計算ソフト側の従業員マスタを取り込めるため、従業員情報を一から登録する手間を減らせるのも特徴です。すでにフリーウェイ給与計算を利用している企業であれば、マイナンバー管理と給与業務を低コストでつなげやすいです。
| 提供会社 | 株式会社フリーウェイジャパン |
|---|---|
| 料金 | 〜20人までなら無料 21人~:1,980円/月 |
| 特徴 | スマホ・PC・タブレットからのマイナンバー収集 本人確認書類の送信 管理者による手入力 フリーウェイ給与計算との連携 給与計算の従業員マスタ取り込み 帳票へのマイナンバー印字 暗号化保管 権限管理 利用履歴の記録 廃棄予定日・アラート設定 |
freeeマイナンバー管理|freee人事労務・freee会計と連携できるマイナンバー管理サービス

出典:https://www.freee.co.jp/my-number/
freeeマイナンバー管理は、従業員や扶養家族、取引先のマイナンバーをクラウド上で収集・保管・利用・廃棄できるマイナンバー管理サービスです。freee人事労務やfreee会計と連携して、年末調整・入退社手続き・支払調書作成などに活用しやすいという特徴があります。freee人事労務の有料プランを利用している場合は、従業員や家族のマイナンバーを収集し、源泉徴収票や給与支払報告書、扶養控除等申告書、社会保険関連書類などへ反映できます。
従業員はfreeeマイナンバー管理の画面から自分自身や家族のマイナンバーを登録できます。番号確認書類や身元確認書類の画像もアップロードできるため、紙のコピーを回収・保管する運用から移行しやすいです。入社手続きの途中でマイナンバー登録へ進めるため、新入社員の情報回収とマイナンバー収集を分けて管理する手間も抑えられます。
freee会計との連携では、取引先のマイナンバー管理にも対応しています。個人事業主や専門家などへ報酬を支払う場合、取引先にマイナンバー登録を依頼し、支払調書作成時に反映できます。従業員のマイナンバーだけでなく、取引先の個人番号も扱う企業にとっては、給与・労務と会計の両面でマイナンバーを管理しやすい点がメリットです。
権限管理も細かく設定できます。freeeマイナンバー管理では、従業員管理者、取引先管理者、事業主管理者など、扱う対象ごとに権限を分けられます。従業員のマイナンバーを管理する担当者と、取引先のマイナンバーを管理する担当者を分けたい企業でも、必要な範囲だけアクセス権を付与しやすい設計です。
| 提供会社 | freee株式会社 |
|---|---|
| 料金 | freee人事労務またはfreee会計の有料プラン契約者は追加料金なしで利用可能 |
| 特徴 | 従業員・扶養家族のマイナンバー登録 番号確認書類・身元確認書類のアップロード 取引先のマイナンバー管理 年末調整書類への反映 源泉徴収票・給与支払報告書への反映 入社手続き書類への反映 操作履歴の記録 権限管理 不要になったマイナンバーの削除 |
SmartHR|入社時のマイナンバー収集から年末調整書類への出力まで対応

SmartHRは、従業員情報の収集・管理を起点に、マイナンバー管理にも対応しているクラウド人事労務ソフトです。労務管理クラウド市場で7年連続シェアNo.1を獲得しており、登録社数は80,000社を超えています。
※SmartHR上で事業所登録を完了しているテナント数(但し、退会処理を行ったテナント数を除く)
マイナンバー管理では、従業員本人による入力と管理者による登録の両方に対応しており、入社手続きとあわせて情報を収集できます。提出内容は管理者が確認し、必要に応じて修正依頼を行えるため、提出状況や不備の把握がしやすい点が特徴です。
登録したマイナンバーは、年末調整や各種手続き書類へ出力でき、転記作業の手間を減らせます。また、表示・編集・ダウンロードなどの操作履歴を監査ログで確認できるほか、権限設定や削除にも対応しており、収集から廃棄までの管理を一元化できます。
料金は従業員数や利用機能に応じた個別見積もりで、初期導入費用とサポート費用は無料です。従業員50名以下向けプランや、30名まで登録可能な¥0プランも用意されています。
| 提供会社 | 株式会社SmartHR / SmartHR, Inc. |
|---|---|
| 料金 | 要問い合わせ |
| 特徴 | 従業員本人によるマイナンバー入力 管理者による登録 提供依頼・修正依頼 提出内容の確認 年末調整書類への出力 各種手続き書類への出力 監査ログの確認 マイナンバー情報の削除 権限設定 入社手続きとの連携 |
オフィスステーション マイナンバー|利用目的の自動記録と削除証明書に対応

出典:https://www.officestation.jp/mynumber/
オフィスステーション マイナンバーは、マイナンバーの取得・利用・削除までをクラウド上で管理できるサービスです。オフィスステーションシリーズ全体では、利用社数が55,000社を突破しており、労務管理クラウド市場でも高い導入実績があります。
特徴としては利用目的の記録や削除後の証明まで管理しやすいです。労務手続きなどでマイナンバーを利用する際は、利用目的を入力すると操作履歴として記録されます。利用履歴を台帳で別管理している企業では、記録漏れの防止につながります。マイナンバーの取扱業務がなくなる従業員については、削除予定日を設定できます。削除後には削除証明書を発行できるため、マイナンバーを適切に廃棄した証跡を残したい企業向きです。
また、他社システムとの連携範囲が広い点も強みです。マネーフォワード クラウド給与やPCAクラウド 給与、弥生給与、給与奉行など、複数の給与・法定調書関連システムとAPI連携またはCSV連携に対応しています。すでに給与計算ソフトを導入している企業でも、既存の業務フローを大きく変えずにマイナンバー管理を切り出しやすいです。
セキュリティ面では、ログイン時と個人番号アクセス時に二段階認証を実施できます。さらに、WAFの設置、機密情報とサーバー本体の暗号化、国内データセンターでの運用、1日1回の自動バックアップ、24時間365日の監視体制にも対応しています。ISO/IEC27001とISO/IEC27018の認証も取得しており、社内稟議でセキュリティ体制を説明しやすい点もメリットです。
| 提供会社 | 株式会社エフアンドエム(英文名:F&M CO.,LTD.) |
|---|---|
| 料金 | 登録料:110,000円 〜100名:月3,300円 101〜200名:月4,400円 201〜300名:月5,500円 |
| 特徴 | 従業員本人入力 個人支払先のマイナンバー登録 扶養親族の収集対象設定 利用目的の自動記録 削除予約 削除証明書の発行 API・CSV連携 二段階認証 WAF 暗号化 国内データセンター運用 ISO/IEC27001・ISO/IEC27018認証 |
ジョブカン労務HR|取引先のQRコード収集にも対応するマイナンバー管理機能

ジョブカン労務HRは従業員情報の一元管理を軸に、マイナンバーの収集・管理にも対応したクラウド型の労務管理システムです。ジョブカンシリーズ全体では累計導入実績が30万社を超えており、ジョブカン労務HRはITトレンド年間ランキング2025の「労務管理システム」部門で1位を獲得しています。
マイナンバー管理では従業員本人だけでなく、被扶養者のマイナンバーも収集・管理できます。管理者が直接入力する方法に加えて、従業員に提出依頼を送り、マイページから入力してもらうことも可能です。確認書類の提出有無や利用目的を指定した上で依頼できるため、収集時点で利用目的を明確にしながら管理できます。
特徴的なのは、取引先のマイナンバー収集にも対応している点です。個人事業主や士業など、支払調書作成のためにマイナンバーが必要な取引先に対して、メールで提出依頼を送れます。さらに、QRコード付きの提出依頼書をPDFで発行できるため、メールで依頼しづらい相手にも紙で案内し、QRコードから入力してもらう運用が可能です。取引先として登録した人には課金が発生しないため、従業員以外のマイナンバーも扱う企業にとって使いやすい仕組みです。
| 提供会社 | 株式会社 DONUTS |
|---|---|
| 料金 | 無料プランあり 有料プランは月額400円/ユーザー ※有料プランの最低利用料金は月額2,000円(税抜) |
| 特徴 | 従業員・被扶養者のマイナンバー管理 従業員への提出依頼 CSV一括登録 取引先のマイナンバー収集 メール提出依頼 QRコード提出依頼 利用目的の指定 ジョブカン給与計算・年末調整への自動連携 年末調整書類への反映、従業員・取引先のマイナンバー削除 |
マイナクラウド|紙回収後の連続登録にも対応する低価格なマイナンバー管理サービス

マイナクラウドはマイナンバーの収集・保管・利用・廃棄をクラウド上で行えるマイナンバー管理サービスです。月額1,000円から利用できるため、専用のマイナンバー管理システムを低コストで導入したい中小企業や個人事業主向きです。
すでに紙で集めたマイナンバーの登録作業にも配慮されています。従業員や業務委託先には、マイナンバー収集メールを送信し、スマートフォンから番号や本人確認書類の画像を登録してもらえます。マイナンバー記載書類や身分証明書の写しをすでに回収している場合は、連続登録ツールを使って最大10人分をまとめて入力できます。紙運用からクラウド管理へ移行する企業でも、初期登録の負担を抑えやすいです。
登録者の管理では、従業員だけでなく、業務委託先、不動産オーナー、士業、株主、第三号被保険者など、対象者の属性を細かく分類できます。短期アルバイトや遠方の業務委託先など、雇用形態や関係性がばらばらな相手からマイナンバーを集める企業でも、対象者を整理しながら管理しやすい設計です。扶養家族のマイナンバーも人数制限なしで管理できます。
収集状況は「未登録」「承認待ち」「差戻し」「拒否」「完了」などのステータスで確認できます。収集できない場合は「回収不能」として理由を残せるため、マイナンバーの提出を依頼した履歴や、未回収時の対応を記録したい場合にも役立ちます。
セキュリティ面では会社ごとのパスコードを設定することで、誤送信された収集メールから第三者が不正ログインするリスクを抑えられます。本人確認の承認後は登録者が自動でログインロックされるため、承認済みデータの書き換えを防ぎやすい点も特徴です。マイナンバーの利用時には、利用目的や操作内容が自動で記録されます。操作履歴は条件を指定して検索・抽出でき、ダウンロードも可能です。税理士・会計士・社労士などへマイナンバー情報を渡す場合も、閲覧権限のログインIDを発行できるため、郵送や手渡しよりも安全に共有しやすくなります。
| 提供会社 | 株式会社ビットスクリプト(Bitscript, inc.) |
|---|---|
| 料金 | お試し:無料 プラン10:月1,000円 プラン30:月2,400円 プラン60:月4,800円 プラン100:月8,000円 以降、管理人数が100人増えるごとに+8,000円(税別) |
| 特徴 | スマホからのマイナンバー収集 最大10人分の連続登録ツール 属性別管理 扶養家族の人数無制限管理 収集ステータス管理 回収不能理由の記録 二段階認証 パスコード認証 自動ログインロック 利用目的・操作履歴の自動記録 士業向け閲覧権限の発行 |
マイナンバー管理システムに関するよくある質問
- マイナンバーのクラウド管理に関する法律はある?
- マイナンバーのクラウド管理に特化した法律は存在しませんが、「行政手続における特定の個人を識別するための番号の利用等に関する法律」(マイナンバー法)および「個人情報の保護に関する法律」(個人情報保護法)が適用されます。
これらの法律に基づき、特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドラインが定められており、クラウドサービスを利用する場合もこのガイドラインに従わなければなりません。
- マイナンバー管理システムの要件とは?
- マイナンバー管理システムの要件は、主に以下の点が挙げられます。
・セキュリティ対策:データの暗号化、アクセス制御、二段階認証などの高度なセキュリティ機能
・マイナンバーの収集・保管・利用・廃棄の一元管理
・アクセスログの記録と監査機能
・法令遵守:特定個人情報の適正な取扱いに関するガイドラインへの準拠
・データバックアップと復旧機能
・他システム(給与計算システムなど)との連携機能
・操作性の良さとユーザーインターフェースの分かりやすさ
これらの要件を満たすシステムを選択することで、安全かつ効率的なマイナンバー管理が可能となります。
- 中小企業におけるマイナンバーの管理方法は何がおすすめ?
- 中小企業におけるマイナンバーの管理方法には、クラウド型のマイナンバー管理システムの利用がおすすめです。
クラウド型システムは、初期投資が少なく、運用コストも抑えられるため、中小企業にとって導入しやすい選択肢となります。また、セキュリティ対策やシステムの更新を専門業者に任せられるため、リスク管理の負担を軽減できるでしょう。











